Post-1 Ubuntu中Rosetta的安装与编译
Post-1 Ubuntu中Rosetta的安装与编译1 Rosetta的安装安装源1：百度网盘通过网盘分享的文件：rosetta.binary.ubuntu.release-371.tar.bz2链接: https://pan.baidu.com/s/1_keiOiFA9rWNmjEzV2uCPQ?pwd=zai7 提取码: zai7 下载压缩包后需要解压文件，由于我的系统是windows11中的子系统WSL2，没有操作界面，我使用WindTerm对子系统进行ssh连接（方便！！！WindTerm安装使用教程我会放在主页Post-n）。因此，需要执行命令： 1tar -jxvf rosetta.binary.ubuntu.release-371.tar.bz2 2 Rosetta的编译接下来需要进入指定目录下对Rosetta进行编译，编译时需要使用python2版本，我选择的python2.7。通过conda创建虚拟环境： 123cd ～/rosetta.binary.ubuntu.release-371/main/source/ #...
Post2-Rosetta-Ligand_docking
Post-2 Rosetta-Ligand Docking完成Rosetta编译之后我们便可以进行分子对接，我将在这篇博文中记录完成Ligand Docking的整个过程。 1 任务阐述3r0r.pdb该蛋白质具有酶的活性，但存在几种小分子会与该蛋白质结合抑制蛋白酶活性。已知几种小分子的抑制活性，通过结合亲和力计算来验证抑制活性。 2 结果记录得出最终结果的命令是： 1/home/gt-lck/software/rosetta.binary.ubuntu.release-371/main/source/bin/rosetta_scripts.default.linuxgccrelease @ options -nstruct 5 这条命令涉及的文件包括options，options文件又涉及到蛋白质与配体合并后的pdb文件（3r0r_A_LIG.pdb）,可供Rosetta读取的配体的.params文件以及dock.xml，options如下： 12345678910111213141516171819202122232425262728#Pound signs...